Eugenio Villoresi nacque a Monza nel 1810 da Luigi e Teresa Baffa. Dopo la laurea a Pavia nel 1832, svolse il tirocinio triennale presso lo studio dell’ingegnere Giorgio Manzi.
Nel 1837 venne assunto dai Luoghi Pii Elemosinieri, rimanendo presso l’ente per oltre trent’anni, fino al 1868. In questo arco di tempo si occupò di alcune tra le più importanti aziende agricole dell’ente (Badile, Camuzzone, Gaggiano, Moncucco e Calvignasco, Montano, Tavernasco), indirizzandole a un continuo perfezionamento: sotto la sua direzione, in linea con le indicazioni dell’ingegnere capo Giorgio Manzi, furono edificati moderni opifici per la lavorazione del riso e delle granaglie, costruite nuove abitazioni per i coloni e stalle per gli animali, aperti nuovi cavi e teste di fontana, irrigate e ridotte a marcita ampie distese di terreni.
Nel 1844 sposò la cugina Rosa Baffa, dalla quale ebbe sette figli, dei quali solo tre (Luigi, Giuseppe e Gaetano) gli sopravvissero. A causa della partecipazione ai moti del 1848 dovette rifugiarsi temporaneamente a Novara, tornando però nell’anno seguente al servizio presso i Luoghi Pii Elemosinieri.
La fama di Villoresi è legata soprattutto all’omonimo canale scavato nell’alta pianura milanese fra Ticino e Adda: egli iniziò a progettarlo nel 1862, ottenendo nel 1868 la concessione a derivare l’acqua dal Lago Maggiore e dal Lago di Lugano. Difficoltà tecniche, economiche e burocratiche lo obbligarono a modificare profondamente il progetto originale, senza però riuscire a ottenere il contributo finanziario necessario per la realizzazione dell’opera.
Eugenio Villoresi morì il 12 novembre 1879, senza aver visto l’inizio della costruzione del canale che porta il suo nome, il cui primo tratto venne realizzato tra il 1882 e il 1884.